Klasztor pochodzi z XIII wieku, po raz pierwszy został wymieniony w 1278 r. Zbudowano go na sąsiadującym z grodem wzgórzu. Kilkakrotnie był przebudowywany w XIV, XV i XVI wieku. Po reformacji i kasacie klasztoru w 1555 r. istniała tu do 1611 r. szkoła dla panien szlacheckiego pochodzenia. Po reformacji został przekształcony w folwark. W latach 1611 – 1811 był siedzibą domeny cedyńskiej, w latach 1811 – 1870 siedzibą Królewskiej Poczty, w okresie 1870 – 1940 ponownie przekształcony w folwark. W wyniku działań wojennych w 1945 r. klasztor został zniszczony. Obecnie budynek jest odbudowany. W jego wnętrzu mieści się hotel i restauracja. Cedyński klasztor znajduje się na europejskiej trasie cystersów.